روحانی در پاسخ به استعفای نیلی ضمن تشکر از همکاری‌ها و مشاوره‌های نیلی در دولتهای یازدهم و دوازدهم با استعفای او از سمت دستیاری ویژه رئیس جمهور در امور اقتصادی و دبیر ستاد هماهنگی اقتصادی موافقت کرده است.
پیش از این محمدرضا تابش اعلام کرده بود با توجه به استعفای آقای دکتر نیلی از سمت دستیار ویژه اقتصادی رئیس‌جمهور، ایشان از روز سه شنبه از ادامه حضور در جلسات شورای پول و اعتبار انصراف داد و اعضای شورا نیز ضمن قدردانی از زحمات ایشان، وجود آقای دکتر نیلی برای این شورا را مغتنم عنوان کردند.
خبر موافقت حسن روحانی با استعفای نیلی در حالی منتشر می‌شود که او پیش از این هم در تیرماه امسال از دستیاری ویژه اقتصادی رئیس‌جمهور استعفا داده بود. آن زمان گفته شد او مدت‌هاست استعفایش را تقدیم رییس‌جمهور کرده اما مورد پذیرش قرار نگرفته است.
